据台湾《中时电子报》报道 大陆3月1日起停止进口台湾菠萝，岛内绿营“立委”和意见领袖要求台当局“硬起来”，向世界贸易组织（WTO）申诉。不过，台经济部门高层官员态度保守，表示目前并没有接获指示处理向WTO申诉相关事宜；一名长期担任经贸谈判的幕僚学者指出，“大陆只禁我们一项水果菠萝进口，我们目前却不准大陆600多项农产品进口，要怎么向WTO申诉？”
台“农委会主委”陈吉仲先前声称，台湾菠萝输出大陆都是依照WTO的规范在进行，大陆禁止进口做法不符合国际贸易规范。民进党“立委”许智杰等人则要求台当局向WTO申诉。不过，台经济部门经贸官员对此持保留的态度，官员强调，目前未获指示要向WTO申诉，“228连假都没有处理相关事宜”。未来仍要待台行政机构进一步决定。
至于民进党当局为何对此保持低调，一名熟悉WTO运作的学者指出，台湾过去以两岸关系特殊为理由，禁止了2000多项大陆产品进口，并不符合WTO规范，其中包括600多项的大陆农产品，例如大陆以零关税进口台湾菠萝，而台湾除了大陆菠萝，其他国家或地区的菠萝都可以进口，罐头都是用泰国菠萝做的，台湾少产苹果，却坚持不准大陆苹果进口，大陆开放我们产品就说是“统战”，禁止进口又说是“打压”，“如果告到WTO，到底谁比较不符规范？”
这位学者表示，台湾因为对大陆做了许多贸易上的片面保护措施，加上WTO争端解决机制也停摆中，所以我们应该不会告上WTO，而大陆向来不希望在国际架构上解决两岸经贸问题，所以大概也不乐见如此，因此WTO并非解决两岸经贸问题的好平台。
台湾中华经济研究院WTO及RTA研究中心副执行长李淳则担心除了菠萝之外，大陆未来可能还有其他措施，他表示，大陆如果将此视为政治惩罚的话，“菠萝禁令”将不会是最后一案。学者认为，菠萝不包括在“ECFA”（《两岸经济合作架构协议》）早收清单内，未来不排除大陆针对“ECFA”539项早收清单的18项农产品和其他工业产品以外的项目动手，例如莲雾、释迦、汽车零组件等都有可能。
